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Como avaliar os resultados do AlphaFold? – Parte II – Sequence coverage
Em post anterior, falamos sobre o AlphaFold, com foco na principal métrica de avaliação da qualidade do modelo gerado, a plDDT. No texto de hoje, falaremos sobre o gráfico de cobertura de sequência (sequence coverage), com exemplo na Figura 1. Eu usei o ColabFold para modelar uma sequência fictícia. Peguei a sequência original e introduzi…
Como avaliar os resultados do AlphaFold? – Parte I – lDDT
O AlphaFold é o método do estado da arte para modelagem de estruturas de proteínas. Ele é baseado em redes neurais profundas e utiliza, como entrada, dados de sequências proteicas, de alinhamentos múltiplos de sequências e de estruturas resolvidas experimentalmente. Basicamente, ele aprende as mutações que podem ocorrer ao longo da evolução e as relaciona…
Alphafold pode ser usado para docking proteína-proteína?
O Alphafold é um método de modelagem de estruturas tridimensionais de proteínas que combina informação de sequências de aminoácidos, de alinhamentos múltiplos de proteínas e de estruturas homólogas através de redes neurais profundas. As redes são usadas para previsão das distâncias relativas entre os aminoácidos da cadeia. Os resultados do método representaram um avanço significativo…
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