Como avaliar os resultados do AlphaFold? – Parte II – Sequence coverage
Em post anterior, falamos sobre o AlphaFold, com foco na principal métrica de avaliação da qualidade do modelo gerado, a plDDT. No texto de hoje, falaremos sobre o gráfico de cobertura de sequência (sequence coverage), com exemplo na Figura 1. Eu usei o ColabFold para modelar uma sequência fictícia. Peguei a sequência original e introduzi…
Como avaliar os resultados do AlphaFold? – Parte I – lDDT
O AlphaFold é o método do estado da arte para modelagem de estruturas de proteínas. Ele é baseado em redes neurais profundas e utiliza, como entrada, dados de sequências proteicas, de alinhamentos múltiplos de sequências e de estruturas resolvidas experimentalmente. Basicamente, ele aprende as mutações que podem ocorrer ao longo da evolução e as relaciona…
Alphafold pode ser usado para docking proteína-proteína?
O Alphafold é um método de modelagem de estruturas tridimensionais de proteínas que combina informação de sequências de aminoácidos, de alinhamentos múltiplos de proteínas e de estruturas homólogas através de redes neurais profundas. As redes são usadas para previsão das distâncias relativas entre os aminoácidos da cadeia. Os resultados do método representaram um avanço significativo…
Você está comendo plástico sem perceber
O plástico é, sem dúvida, uma das grandes invenções da humanidade. Ele é um material de produção fácil e versátil para produção de bens de consumo. O problema é que ele é descartável e composto por polímeros extremamente estáveis (ver parte 1 da Figura 4), podendo persistir no meio ambiente por centenas de anos quando…
Qual o tamanho ideal de uma dissertação de mestrado?
Há alguns meses, participei de uma defesa de dissertação de mestrado que tinha mais de 160 páginas. Ao receber o arquivo, esse volume de texto me causou surpresa. Imaginei que algo poderia estar errado. Mas então, existe um tamanho ideal para uma dissertação de mestrado? Esse possível tamanho ideal é o mesmo para as diversas…
Revistaq e os 70 anos do CNPq
O CNPq, Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico, completou em 2021 seus 70 anos. Em meio a tantos desafios que o mundo tem enfrentado com a pandemia de COVID-19, o conhecimento científico nunca foi tão necessário. Para celebrar esse importante aniversário, o CNPq, em parceria com a Academia Brasileira de Ciências (ABC), concebeu a…
Alucinações: sonhando com estruturas proteicas ideais?
Alucinação Perturbação mental que se caracteriza pelo aparecimento de sensações (visuais, auditivas etc.) atribuídas a causas objetivas que, na realidade, inexistem; sensação sem objeto.Oxford Languages O que alucinações tem a ver com proteínas? Neste texto, falaremos de como os cientistas tem usado redes neurais profundas para criar novas proteínas nunca identificadas em seres vivos para…
Inteligência artificial e o aprendizado de máquina
Segundo Stuart Russel e Peter Norwig em seu livro Inteligência artificial: uma abordagem moderna [1]: O campo da inteligência artificial, ou IA, (…) tenta não apenas compreender, mas também construir entidades inteligentes.Stuart Russel e Peter Norwig Inteligência artificial O termo inteligência artificial foi cunhado em 1955 por John McCarthy, professor da área de matemática do…
A evolução do SARS-CoV-2: o que esperar?
Felizmente, após dois longos anos de pandemia de COVID-19, vivemos um momento especial em que pela primeira vez os índices de óbitos tem caído continuamente devido ao sucesso da vacinação. Entretanto, os especialistas apontam que o vírus permanecerá sofrendo mutações e novas variantes continuam surgindo [1]. Em publicação recente na revista Nature [2], pesquisadores mencionam…
Bioinformática forense
Na década de 70, os moradores da cidade de Sacramento, na Califórnia, foram aterrorizados por um criminoso que invadia casas e roubava e violentava as moradoras [1]. Ele ficou conhecido como o estuprador da área leste. No início da década de 80, o mesmo criminoso matou, no sul do mesmo estado, pelo menos nove pessoas…
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