Alucinações: sonhando com estruturas proteicas ideais?

Alucinação Perturbação mental que se caracteriza pelo aparecimento de sensações (visuais, auditivas etc.) atribuídas a causas objetivas que, na realidade, inexistem; sensação sem objeto. Oxford Languages O que alucinações tem a ver com proteínas? Neste texto, falaremos de como os cientistas tem usado redes neurais profundas para criar novas proteínas nunca identificadas em seres vivosContinuar lendo “Alucinações: sonhando com estruturas proteicas ideais?”

O que são mapas de distância?

Um mapa de distância é uma representação bidimensional (matriz) da estrutura tridimensional de uma proteína. Eles são matrizes quadradas onde o eixo-x representa a sequência de aminoácidos de uma proteína e o eixo-y representa a mesma sequência. Dessa forma, cada célula (x,y) contém um valor real que é a distância euclideana entre o resíduo xContinuar lendo “O que são mapas de distância?”

O que acontece quando uma proteína sofre uma mutação?

Mutações não sinônimas podem gerar substituições em aminoácidos em proteínas. Mutações podem gerar inúmeros efeitos em proteínas. Esses efeitos podem ser desde benéficos a deletérios. Entre os efeitos benéficos podemos citar a aquisição ou aperfeiçoamento de uma função em uma enzima de interesse industrial. Entre os deletérios, podemos citar doenças causadas pelo mau funcionamento deContinuar lendo “O que acontece quando uma proteína sofre uma mutação?”

O AlphaFold e o desenvolvimento de vacinas

Desenvolvimento de vacinas assistido pela estrutura de proteínas Em um vídeo anterior no canal do YouTube do OnlineBioinfo, falamos sobre o desenvolvimento de vacinas e a Bioinformática. Nesse video, focamos no uso de técnicas de aprendizado de máquina para a identificação de epitopos, que são pequenas porções antigênicas do patógeno. Ou seja, trechos das proteínasContinuar lendo “O AlphaFold e o desenvolvimento de vacinas”

RMSD e RMSF

O RMSF e RMSF são duas métricas de comparação entre estruturas sobrepostas bastante utilizadas em Bioinformática Estrutural. RMSD para comparação de pares de estruturas RMSD é a sigla para Root Mean Square Deviation que significa raiz quadrada do desvio quadrático médio. Conforme dissemos, ele deve ser calculado entre estruturas que foram sobrepostas (alinhadas tridimensionalmente) eContinuar lendo “RMSD e RMSF”

O AlphaFold será uma revolução na medicina?

O que é O AlphaFold é um programa baseado em redes neurais profundas que computa modelos de proteínas por homologia com outras proteínas de estrutura resolvida experimentalmente. Ele foi desenvolvido pela empresa DeepMind Technologies, uma start-up de Inteligência Artificial adquirida pela Google. Até o momento, o AlphaFold foi usado para modelar mais de 250.000 proteínasContinuar lendo “O AlphaFold será uma revolução na medicina?”

Como identificar sítios de ligação em proteínas?

Sítios de ligação são conjuntos de resíduos de aminoácidos que estão em bolsões de ligação de moléculas que interagem com proteínas. Esses ligantes podem ser pequenas moléculas, peptídeos ou outras proteínas. Os bolsões são frestas muitas vezes volumosas que recebem os ligantes na superfície das proteínas. Veja um exemplo de uma molécula de aspirina ligadaContinuar lendo “Como identificar sítios de ligação em proteínas?”