Em post anterior, falamos sobre o AlphaFold, com foco na principal métrica de avaliação da qualidade do modelo gerado, a plDDT. No texto de hoje, falaremos sobre o gráfico de cobertura de sequência (sequence coverage), com exemplo na Figura 1. Eu usei o ColabFold para modelar uma sequência fictícia. Peguei a sequência original e introduziContinuar lendo “Como avaliar os resultados do AlphaFold? – Parte II – Sequence coverage”
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Como avaliar os resultados do AlphaFold? – Parte I – lDDT
O AlphaFold é o método do estado da arte para modelagem de estruturas de proteínas. Ele é baseado em redes neurais profundas e utiliza, como entrada, dados de sequências proteicas, de alinhamentos múltiplos de sequências e de estruturas resolvidas experimentalmente. Basicamente, ele aprende as mutações que podem ocorrer ao longo da evolução e as relacionaContinuar lendo “Como avaliar os resultados do AlphaFold? – Parte I – lDDT”
Alphafold pode ser usado para docking proteína-proteína?
O Alphafold é um método de modelagem de estruturas tridimensionais de proteínas que combina informação de sequências de aminoácidos, de alinhamentos múltiplos de proteínas e de estruturas homólogas através de redes neurais profundas. As redes são usadas para previsão das distâncias relativas entre os aminoácidos da cadeia. Os resultados do método representaram um avanço significativoContinuar lendo “Alphafold pode ser usado para docking proteína-proteína?”
Você está comendo plástico sem perceber
O plástico é, sem dúvida, uma das grandes invenções da humanidade. Ele é um material de produção fácil e versátil para produção de bens de consumo. O problema é que ele é descartável e composto por polímeros extremamente estáveis (ver parte 1 da Figura 4), podendo persistir no meio ambiente por centenas de anos quandoContinuar lendo “Você está comendo plástico sem perceber”
Alucinações: sonhando com estruturas proteicas ideais?
Alucinação Perturbação mental que se caracteriza pelo aparecimento de sensações (visuais, auditivas etc.) atribuídas a causas objetivas que, na realidade, inexistem; sensação sem objeto. Oxford Languages O que alucinações tem a ver com proteínas? Neste texto, falaremos de como os cientistas tem usado redes neurais profundas para criar novas proteínas nunca identificadas em seres vivosContinuar lendo “Alucinações: sonhando com estruturas proteicas ideais?”
O que são mapas de distância?
Um mapa de distância é uma representação bidimensional (matriz) da estrutura tridimensional de uma proteína. Eles são matrizes quadradas onde o eixo-x representa a sequência de aminoácidos de uma proteína e o eixo-y representa a mesma sequência. Dessa forma, cada célula (x,y) contém um valor real que é a distância euclideana entre o resíduo xContinuar lendo “O que são mapas de distância?”
O que acontece quando uma proteína sofre uma mutação?
Mutações não sinônimas podem gerar substituições em aminoácidos em proteínas. Mutações podem gerar inúmeros efeitos em proteínas. Esses efeitos podem ser desde benéficos a deletérios. Entre os efeitos benéficos podemos citar a aquisição ou aperfeiçoamento de uma função em uma enzima de interesse industrial. Entre os deletérios, podemos citar doenças causadas pelo mau funcionamento deContinuar lendo “O que acontece quando uma proteína sofre uma mutação?”
O AlphaFold e o desenvolvimento de vacinas
Desenvolvimento de vacinas assistido pela estrutura de proteínas Em um vídeo anterior no canal do YouTube do OnlineBioinfo, falamos sobre o desenvolvimento de vacinas e a Bioinformática. Nesse video, focamos no uso de técnicas de aprendizado de máquina para a identificação de epitopos, que são pequenas porções antigênicas do patógeno. Ou seja, trechos das proteínasContinuar lendo “O AlphaFold e o desenvolvimento de vacinas”
RMSD e RMSF
O RMSF e RMSF são duas métricas de comparação entre estruturas sobrepostas bastante utilizadas em Bioinformática Estrutural. RMSD para comparação de pares de estruturas RMSD é a sigla para Root Mean Square Deviation que significa raiz quadrada do desvio quadrático médio. Conforme dissemos, ele deve ser calculado entre estruturas que foram sobrepostas (alinhadas tridimensionalmente) eContinuar lendo “RMSD e RMSF”
O AlphaFold será uma revolução na medicina?
O que é O AlphaFold é um programa baseado em redes neurais profundas que computa modelos de proteínas por homologia com outras proteínas de estrutura resolvida experimentalmente. Ele foi desenvolvido pela empresa DeepMind Technologies, uma start-up de Inteligência Artificial adquirida pela Google. Até o momento, o AlphaFold foi usado para modelar mais de 250.000 proteínasContinuar lendo “O AlphaFold será uma revolução na medicina?”
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