Em post anterior, falamos sobre o AlphaFold, com foco na principal métrica de avaliação da qualidade do modelo gerado, a plDDT. No texto de hoje, falaremos sobre o gráfico de cobertura de sequência (sequence coverage), com exemplo na Figura 1. Eu usei o ColabFold para modelar uma sequência fictícia. Peguei a sequência original e introduziContinuar lendo “Como avaliar os resultados do AlphaFold? – Parte II – Sequence coverage”
Arquivos da categoria: Inteligência artificial
Como avaliar os resultados do AlphaFold? – Parte I – lDDT
O AlphaFold é o método do estado da arte para modelagem de estruturas de proteínas. Ele é baseado em redes neurais profundas e utiliza, como entrada, dados de sequências proteicas, de alinhamentos múltiplos de sequências e de estruturas resolvidas experimentalmente. Basicamente, ele aprende as mutações que podem ocorrer ao longo da evolução e as relacionaContinuar lendo “Como avaliar os resultados do AlphaFold? – Parte I – lDDT”
Alphafold pode ser usado para docking proteína-proteína?
O Alphafold é um método de modelagem de estruturas tridimensionais de proteínas que combina informação de sequências de aminoácidos, de alinhamentos múltiplos de proteínas e de estruturas homólogas através de redes neurais profundas. As redes são usadas para previsão das distâncias relativas entre os aminoácidos da cadeia. Os resultados do método representaram um avanço significativoContinuar lendo “Alphafold pode ser usado para docking proteína-proteína?”
Alucinações: sonhando com estruturas proteicas ideais?
Alucinação Perturbação mental que se caracteriza pelo aparecimento de sensações (visuais, auditivas etc.) atribuídas a causas objetivas que, na realidade, inexistem; sensação sem objeto. Oxford Languages O que alucinações tem a ver com proteínas? Neste texto, falaremos de como os cientistas tem usado redes neurais profundas para criar novas proteínas nunca identificadas em seres vivosContinuar lendo “Alucinações: sonhando com estruturas proteicas ideais?”
O AlphaFold e o desenvolvimento de vacinas
Desenvolvimento de vacinas assistido pela estrutura de proteínas Em um vídeo anterior no canal do YouTube do OnlineBioinfo, falamos sobre o desenvolvimento de vacinas e a Bioinformática. Nesse video, focamos no uso de técnicas de aprendizado de máquina para a identificação de epitopos, que são pequenas porções antigênicas do patógeno. Ou seja, trechos das proteínasContinuar lendo “O AlphaFold e o desenvolvimento de vacinas”
O AlphaFold será uma revolução na medicina?
O que é O AlphaFold é um programa baseado em redes neurais profundas que computa modelos de proteínas por homologia com outras proteínas de estrutura resolvida experimentalmente. Ele foi desenvolvido pela empresa DeepMind Technologies, uma start-up de Inteligência Artificial adquirida pela Google. Até o momento, o AlphaFold foi usado para modelar mais de 250.000 proteínasContinuar lendo “O AlphaFold será uma revolução na medicina?”
OnlineBioinfo 