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Em post anterior, falamos sobre o AlphaFold, com foco na principal métrica de avaliação da qualidade do modelo gerado, a plDDT. No texto de hoje, falaremos sobre o gráfico de cobertura de sequência (sequence coverage), com exemplo na Figura 1. Eu usei o ColabFold para modelar uma sequência fictícia. Peguei a sequência original e introduziContinuar lendo “Como avaliar os resultados do AlphaFold? – Parte II – Sequence coverage”

O AlphaFold é o método do estado da arte para modelagem de estruturas de proteínas. Ele é baseado em redes neurais profundas e utiliza, como entrada, dados de sequências proteicas, de alinhamentos múltiplos de sequências e de estruturas resolvidas experimentalmente. Basicamente, ele aprende as mutações que podem ocorrer ao longo da evolução e as relacionaContinuar lendo “Como avaliar os resultados do AlphaFold? – Parte I – lDDT”